1.招生对象不同
五年制专科又称从初中开始的专科教育或五年连续教育，招生对象为九年义务教育毕业生，初中入学考试成绩达到地区要求的分数线（分数线较低）后，可报考职业学校五年制专科；三年制专科是高中毕业生通过高考、自主招生等方式进入专科学校学习，针对的是高中毕业生五年制大专学校排名 中国最好的大专，需参加全国统一高考或目标学校自主招生考试。
2. 学术体系不同
从两者的名字就可以看出区别，五年制大专需要学习五年才能拿到大专文凭，具体就是先上三年中专，再读两年大专五年制大专学校排名 中国最好的大专，这五年是不能中断的，也就是说中间不能拿到中专文凭，只能读五年才能拿到大专文凭。三年制大专只需要学习三年就能拿到大专文凭，再加上三年高中，所以需要六年才能拿到大专文凭，比五年制大专多读一年。
3.学费不同
九年义务教育毕业后，无论上普通高中还是职业中专，都需要交学费。普通高中（公立、私立）学费各地区不同，但基本没有免学费的情况。但为了发展职业教育，很多学校对五年制专科前三年免收学费，后两年按国家专科学费标准收取。从学费上看，从初中开始读五年制专科比普通专科要便宜。
4. 学生素质参差不齐
五年制专科生源质量与三年制专科生源质量存在差异，五年制专科生源质量基本为初中考核不及格、被迫转入职业院校的考生，学习基础和综合能力较差。而普通三年制专科生源质量较差，很多初中考核不及格进入普通高中的学生，由于高考成绩较差而报考专科。总体而言，三年制专科生源质量优于五年制专科生源质量。
5.毕业证书的价值不同
五年制专科和普通三年制专科都是国家承认的大专学历，在参加公务员考试和事业单位考试时享受同等待遇。五年制专科的毕业证上一般都会标注“初中起点”或“连续学习五年”字样。企业在招聘时，更青睐普通三年制专科，因为认可度更高。因此，普通三年制专科的含金量要高于五年制专科。
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