长沙医学院学费收入免征企业所得税争议及相关政策梳理

笔者查阅了网上相关资料，对事件经过概括如下[1]：

2021

长沙税务局立案调查

5 月 19 日

湖南省教育厅《关于请配合免征长沙医学院学费收入企业所得税的函》：“目前，公立学校学费收入免征企业所得税。根据法律规定，结合长沙医学院的法人属性、学校章程和办学实际，我们认为，长沙医学院应当与公立学校同等享受学费收入免征企业所得税的优惠政策。”[2]

7 月 18 日

教育部函：“非营利性民办学校是在民政部门登记注册的民办非企业单位，其相关收入应为免税收入。”

2022

1 月 13 日

《税务处理决定》（长税三基出[2022]7号）——要求长沙医学院补缴2016年1月1日至2020年9月30日期间应缴税款及相应的滞纳金。

2 月 18 日

湖南省税务局回应长沙医学院称，学费、住宿费等不属于政策规定的免税收入范围。

3 月 24 日

长沙医学院提起行政复议。

3 月 31 日

长沙市税务局作出不予受理的决定——长沙医学院未按照税务机关的税务决定缴纳、解缴税款及滞纳金，也未按照《税收征收管理法实施细则》第六十一条、第六十二条的规定提供有效的纳税担保。

长沙医学院向长沙铁路运输法院提起诉讼，该案于4月11日开庭审理。

4 月 1 日

检查局发出了强制执行通知书。

长沙医学院官网发布《致长沙税务局第三检查局依法履行纳税职责的申请书》，随后全校师生签名。

4 月 2 日

长沙医学院官网该篇文章已被删除。

长沙医学院、税务局意见如下：

审计局局长回应称，长沙医学院的文件是断章取义，长沙医学院是民办高校，但未取得“非营利组织”证书，不管是不是非营利组织，未上缴国库的收入都要纳税。医学院解聘三博财务部，是因为财务部懂税法，他们不懂。税务局也鼓励和支持学校进行行政复议或诉讼。

校长回应：“学费和住宿费应该是企业所得税的免税收入，现在不让我们提供纳税担保，如果学校要多缴纳25%的企业所得税，唯一的选择就是提高学生的住宿费。”该公开帖子是学校师生公开的，我不了解此事。

事件的焦点最初集中在民办非盈利组织是否需要缴纳企业所得税上，但深入梳理事件过程，发现无论是长沙医学院的网文，还是审计局局长的回应，都存在诸多焦点，分析如下：

1. 主题

（1）长沙医学院是不是非营利组织？谁来认定一个非营利组织是不是非营利组织？

教育部在2021年7月18日的函件中明确指出，非营利性民办学校是在民政部门登记注册的民办非企业单位，非营利性民办学校是享受税收优惠的“符合条件的非营利组织”。教育部函件称，是否为“非营利组织”要看在民政部登记注册情况。根据全国社会组织信用信息公示平台显示，长沙医学院成立于2002年，目前为“民办非企业单位”，应为“非营利组织”。结果如下：

但税务机关认为，长沙医学院并未从税务机关取得“非营利组织”证书。

笔者认为，从案由和现有资料来看，长沙医学院无论是否取得税务机关要求的认证，都应属于“非营利组织”，至于是否免税长沙医学院学费，可能又是另外一回事。

（2）非营利组织一定可以免税吗？增值税和所得税在免税待遇方面有什么区别？免税资格是否需要确定？

税务机关表示，长沙医学院没有取得“非营利组织”证书，应该意味着没有取得免税资格。在免税待遇方面，对于学校来说，增值税和所得税确实有很大区别。

先说增值税。从事学历教育的学校，经有关部门批准，按照规定标准征收的学费、住宿费、教材、作业本、考试报名费、学校食堂提供的餐饮服务等收入，均免征增值税。具体见《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），附件：《营业税改征增值税试点过渡政策规定》第一条第八款。所以，即便是此次事件中的长沙医学院，其符合上述条件的收入，也免征增值税。而备受争议的是企业所得税。

至于企业所得税，对于非营利性的民办学校来说，免税资格需要获得批准。

《企业所得税法实施条例》第八十四条规定了非营利组织的条件，配套的财税[2018]13号规定，“非营利组织”免税资格需经财税部门审核批准，但长沙医学院并未这么做。

财税[2018]13号前身为财税[2013]13号，之前为[2009]123号。

对于三版《资格认定通知》，法学界对其批评声音颇多，认为“资格认定主体缺乏正当性”。理由是，其法律渊源是《企业所得税法实施条例》第八十四条最后一款，规定“前款规定的非营利组织的认定和管理办法，由国务院财政税务部门会同国务院有关部门制定”。但2009年财政部、税务部直接下发财税[2009]123号文件，未提及“有关部门”，导致“仓促上手”。随后的两份替代文件财税[2014]13号、财税[2018]13号[3]亦是如此，但“有关部门”这个概念本身就比较模糊。 如果加上民政部，争议或许会少一些，但仅凭这一点就否定《资格认定通知书》的合法性，是站不住脚的。

从权责匹配的角度看，财税部门对非营利组织“免税资格”的审批，应该不会出现太多问题。而且，税务系统通过《资格认定通知书》，也加强了对这些非营利组织的税收管控和财务监督：一是有严格的流程，二是经费要经过税务机关的监管，三是有5年的有效期。公共层面的财税管控本身是财税部门的职责，教育部可以在这方面行使建议权。

（3）税收政策上是否应区别对待公立学校和非营利性民办学校？

《中华人民共和国民办教育促进法实施条例》第五十四条明确规定：“民办学校享受国家规定的税收优惠政策；其中，非营利性民办学校享受与公办学校同等的税收优惠政策。”长沙医学院所称的《教育部函》也有类似表述：“非营利性民办学校的学费、住宿费与公办学校上述费用性质、用途、结余管理办法相同，应当享受同等税收优惠政策。”教育部的观点可以概括为：既然是税收优惠政策，就应当一视同仁，公立教育机构可以享受，民办教育机构也应当享受。

在这一点上，教育部的观点确实更有共鸣，非营利性民办学校与公办教育在税收上应该得到同等对待。但税收优惠问题涉及部门分工，财政、税务部门的话语权更大。

二、学费、住宿费收入性质

（1）非营利组织的收入如何划分？是否全部免税？

根据企业所得税法第五条规定，企业取得的收入有：不征税收入、应税收入、免税收入。应税收入为企业每一纳税年度的收入总额，减去不征税收入、免税收入、各项扣除、允许弥补的以前年度亏损后的余额。

但非税收入这个点往往被人们忽略，毕竟非税收入跟财政拨款、行政事业性收费、政府性基金等有关，一般企业不容易触碰财政边缘，作为企业的非营利性民办学校也一样，如下图所示。

一般营业收入分类

说到非营利组织，首先想到的就是免税收入。《企业所得税法》第二十六条第四款规定，“符合条件的非营利组织的收入”为企业的免税收入。《企业所得税法实施条例》第八十五条解释为“企业所得税法第二十六条第四款所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动所取得的收入，国务院财政税务部门另有规定的除外”。通过这些规定可以看出，非营利组织的收入并不是全部免税的，只有符合免税条件的收入才免税，从事营利性活动的才需要纳税。

忽略不计应税收入，非营利组织的收入分为：

符合条件的免税收入；

B营利活动所得收入通常需要纳税；

C.一般不予免税的营利性所得，经国务院财政税务主管部门另有规定的，可以免税。

网上有声音认为，财政部、国家税务总局的相关配套文件应该沿用《企业所得税法实施条例》第八十五条最后一款，继续明确非营利组织的哪些经营活动所得免税，也就是上述C项的内容。但备受质疑的财税[2009]122号《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》作为配套文件，以列举的形式明确了A项的内容，相当于对企业所得税法第二十六条第四项进行了限制性解释。另外长沙医学院学费，财税[2009]122号和财税[2009]123号均存在“追溯效力”的问题。 两份文件均于2009年11月11日颁布，规定施行日期为2008年1月1日[3]。

应该说，质疑的声音不无道理，从这个角度看，非营利组织免税收入是否如财税[2009]123号文所称不免税网校头条，值得商榷，但非营利组织从事营利活动所取得的收入需要纳税，是比较确定的。

（2）学费和住宿费是不是盈利收入？

从以上法规分析来看，营利性收入的概念比较模糊，但根据财税[2009]122号文规定，除所列范围外的收入均为应纳税所得额。在这种相对模糊的情况下，大多数人认为可以作为比较的参考，巧合的是，事件双方当事人也都这么认为。

教育部和长沙医学院认为，既然其他公立学校的学费、住宿费不征税，那么非营利性民办学校的学费、住宿费也不应该征税。

税务系统认为，这又涉及到另一个概念——非应税收入。公立学校收取的学费、住宿费属于非应税收入，因此不需纳税。但长沙医学院的学费、住宿费没有相应的政策，当然是应税收入。相关法律来源是《企业所得税法》第七条，配套的财政部、国家税务总局2008年12月31日发布的《关于财政资金、行政事业性收费、政府性基金企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）在其第二条第（三）款中有规定。 长沙税务局三稽查局局长李红建的回应显然也是基于对不征税收入相关规定的解读，即：“简单来说，不管是不是非营利组织，没有上缴国库的部分都要征税。”

讲到这里，大家应该能够看出来，双方的争议确实不在同一频道上。

在教育部和长沙医学院看来，公办学校与非营利性民办学校的收入构成对比应该是这样的：

在税收体系眼中，公立学校与非营利性民办学校的收入构成对比如下：

此外，对于公立学校来说，也必须分别计算应纳税所得额、免税所得、不纳税所得额。正常情况下，取得免税资格的非营利组织，分别计算应纳税所得额和免税所得，也是必要条件，以保证能一直享受免税资格。这也是税务系统指出长沙医学院不理解的地方。

另一方面，也有人批评长沙医学院学费太高，医学专业一年学费高达4万元，其他专业学费近3万元。同样开设医学专业的公立大学中南大学，2022年临床专业学费将升至7800元。这或许也是税务局调查的原因之一[4]。

笔者认为，从税收技术角度看，不受税收政策约束的非营利性民办学校的收入确实是应税收入，税务局在税收技术上最有发言权、最有权威。但从更广泛的叙事角度看，教育部和长沙医学院的公平论更受青睐。公立学校是政府出资，收入理所当然应该上交政府，上交政府的收入当然不征税。但非营利性民办学校很少得到财政支持，其师资成本、学校运营成本都需要从学费、住宿费中来。虽然学费、住宿费等标准、学校资金流向确实应该规范，但如果是税务部门认定的“非营利组织”，也办理了免税，其资金流向，包括收费标准、支出标准等，也必须满足相应的监管需求，是否一定不能免税，也值得商榷。 税务系统的资质认定是其对“非营利组织”管理的一部分，本身就遵循着严格的制度，也体现了监管的要求。说到底，长沙医学院并没有被税务系统认定为“非营利组织”，其资金、财务不在税务系统的监管范围内，在这次事件中，它要纳税也是理所当然。

3. 扣除

（1）仪器、设备、设施、土地及建筑物等是否应在税前扣除？

其实长沙医学院最不满意的其实是这些东西到底应不应该在税前扣除，而不是算不算费用。因为并不是所有的费用都可以在税前扣除。这些费用是否应该在税前扣除，要看它们是否应该计入成本费用？单从这些标题来看，好像大部分都应该计入固定资产，而不是成本费用项目。如果计入固定资产，按照会计折旧方法，每年的确是按照一定的比例扣除的。不过，审计局对此并未作出回应。

（2）如果无法确定成本费用，是否可以争取纳税评估？

根据税收征管法第三十五条第四款、第五款的规定，税务机关有权核定长沙医学院应纳税额。核定征收通常比查帐征收对纳税人有利得多。因此，不适用于特殊行业、特殊类型、一定规模以上的纳税人。幸好，如果民办学校不在名单上，应该不是特殊行业、特殊类型、一定规模以上的纳税人，或许可以申请核定征收。

4. 如果申请减免的税收担保被发现无效，还有其他补救措施吗？

（1）非营利学校可以用其资产作为税收担保吗？

《民法典》第399条第3款规定，学校、幼儿园、医疗机构等非营利法人为公益目的设立的教育设施、医疗卫生设施等公益设施，属于不得抵押的财产。但《民法典》并未禁止非营利性学校以非教学设施提供担保。（《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》担保制度的解释》第六条第二款除外）非营利性学校的临街店面房产、非教学用车等教育设施以外的资产应当作为抵押。长沙医学院未能提供有效担保，一方面可能账户资金不足，另一方面也有可能教育设施、土地（特别是划拨的情形）等不能作为抵押财产。

（2）还有其他补救措施吗？

根据税法相关规定，纳税人与税务机关发生税务争议，纳税人必须缴纳税款、滞纳金或者提供相应担保后，方可提起行政复议，这被称为“预缴税款”。对于涉税争议金额较大的税务争议，纳税人提供纳税担保以满足预缴税款的要求，成为提起行政复议的重要途径。此次事件中，正是因为长沙医学院“未缴纳税款、滞纳金，未提供有效担保”，导致行政复议无法提起。实践中，此案可以向法院提起行政诉讼，因为税务行政复议的60天审理期限被中止。

《税务行政复议规定》（国家税务总局令第44号）第三十二条规定：“申请人自知道税务机关作出具体行政行为之日起60日内，可以向税务机关提出行政复议申请。因不可抗力或者被申请人设置的障碍导致法定申请期限延误的，申请期限的计算应当扣除所延误的时间。”纳税人对不确认纳税担保的行政行为提起诉讼，是否属于行政复议申请期限中止的情形？目前存在争议，但有复函支持本案中止计算期限。 即国务院法制办的《关于湖北省人民政府法制办关于当事人提出行政复议申请超过期限是否受理行政复议申请的请示的复函》（国法函[2003]253号）答复：“公民、法人或者其他组织对具体行政行为不服的，可以在法定的行政复议申请期限内，直接向人民法院提起行政诉讼。人民法院应当先申请行政复议，对行政复议决定不服的，再向人民法院提起行政诉讼。 公民、法人或者其他组织超过法定的行政复议申请期限申请行政复议的，行政复议机关可以依照行政复议法第九条第二款的规定处理，即自公民、法人或者其他组织提起行政诉讼之日起至人民法院生效裁判之日止，不计算在法定的行政复议申请期限内。”

5.税务局可以查多少年的旧账？

在税务稽查实践中，初次稽查的期限一般为3年，但会根据具体情况延长。一般来说，税务机关稽查旧账有3年、5年、无限期三种情况。

根据税收征管法规定，税务机关负有责任的，只能要求补缴税款3年，且不收取滞纳金。被审计单位如果申报错误、不申报，导致不缴税款或少缴税款，税务机关可以在3年内追缴税款和滞纳金，特殊情况下可以延长至5年。因此，长沙医学院被要求补缴税款和滞纳金5年，在法律框架内是完全有可能的。

长沙医学院税务事件反映出的税收、法律问题很多，都有现实意义，事件结果如何，我们拭目以待，其中反映出的问题可以给大家一些启发。

注释文献

[1]税务律师圈王小伟：长沙医学院被查缴税款3亿，民办学校如何适用免税政策？

[2] 肖鹏/尚优新闻 澎湃新闻 长沙医学院学生被要求补缴3亿元学费住宿费税款 税务局称：暂无明确解释

[3] 王宝庆：我为长沙医学院说话

[4] 长沙医学院与税务局“硬仗”背后的故事