慕尼黑工业大学下设四个系和15个学院：
数学与自然科学系：包括数学学院、物理学院和化学学院。
工程与建筑学院：设有航空与测绘学院、土木与环境工程学院、建筑学院、机械工程学院、电子工程与计算机学院、信息学院6个学院。
生命与健康科学系：下设生命科学学院、医学院、运动与健康科学学院3个学院。
社会科学系：下设教育学院、治理/行政学院、工商管理学院三个学院。
TUM以工程科学和自然科学为主德国慕尼黑工业大学网校头条，还设有医学院和位于慕尼黑的德国心脏研究中心、运动科学院以及位于魏恩施泰芬（弗赖辛）的营养、土地规划和环境科学中心。这些院系的结合使得慕尼黑工业大学在欧洲众多大学中具有得天独厚的优势。德国研究联合会（DFG）在慕尼黑工业大学设立了12个研究站点德国慕尼黑工业大学，其中许多研究项目享誉全球。人文学科则设立在慕尼黑的另一所大学：路德维希马克西米利安慕尼黑大学（即：慕尼黑大学）
专业
高分子材料科学、农学、建筑学、土木工程、土木材料与维护、生物化学、生物信息学、生物学、酿造与饮料技术、工商管理（MBA）、化学、化学工程、优化设计、通信与决策（MBA）、计算机力学、计算科学与工程、计算力学、消费者研究、电子与信息科学、能源与过程科学、工程物理、开发与设计、营养学、地球与空间科学、汽车与发动机科学、财务与信息管理、林业科学、林业资源管理、园艺学、土地测量与地理信息学、地理科学、工业化学、计算机科学、通信技术、工程水利、集成组件设计、科学运输系统、核技术、土地管理、土地利用、景观设计与景观规划、食品化学、航空航天科学、机械制造与管理、机械工程、生物技术数学、数学、机械电子与信息技术、医学、医疗技术、微波工程、分子生物技术、原子技术、生态学、物理学、生产与物流、修复与保存技术、体育、运动科学、可持续资源管理、食品工程、工商管理、应用数学、交通系统、环境工程、环境规划与生态工程、经济计算机科学等。
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